例えば売上が税込100万円、立替金が5000円で
売上100万円のみの請求をしているなら、
改めて売上100万円、立替5,000円の1,005,000円で
請求し直したが、交渉の結果100万円しか
支払ってもらえず、売上を値引きして
税込99万5千円、立替金5千円に当てた、
という形を残しておくのが良いでしょうね。
具体的には、訂正後の額で一旦請求書を再発行して
その控えと値引きになった顛末を残しておくのが
安全策ではないか、ということです。
相手方も、結果的に手出しは変わらないので
それほど抵抗はないように思うのですが・・・

雑費等を使用した場合、売り手自身にとって
対価性があるか、と言われると微妙ですので、
仮払消費税部分を認識せずに全額雑費、
でいいんじゃないかと思います。
（どうせ支出それ自体で判定したとしても、
非課税の登録税等が相当部分を占める
のでしょうし）