業界によってさまざまな商習慣があると思いますので、絶対にこれしかだめということではないと思います。それなのに多様性を認めず、人のやり方に根拠のないけちをつけて自分のやり方を押し付けようとする輩には困ったものです。

＞手形を返して、期日に入金していただくというやり方は否定すべきものではない

誰も否定なんぞしていませんが、何の妄想ですか?。

当社とＡ社の間で、不渡りとなった金額は通常の売掛金残高に加算すると言う合意が既に交わされているものと読みましたが、早とちりでしたか?
あなたの浅薄な経験を聞いているのではなく、質問の文脈をどう読むべきかです。

＞そもそも、日本の商習慣では、新たに取引を開始する際に売買契約書すら交わさないことのほうが多数派と聞いておりました。最近になって、欧米流の基本契約書を交わすようになってきた様です。なので、当社のような伝統的な業界では、信用だけがすべてといった感じです。なにかあっても、これからも長く付き合うのだから、互いに紳士的に解決しようという感じです。

何を言ってるのか全然わかりません。

＞当社の業界では、

ああそうですか。「どうさせていただきましょうか？」と聞くからには、売掛金加算ぐらいは呑むつもりがあるんですよね?そうでなければ聞く意味がありませんからねえ。で、御社の業界事情など興味はありませんが、
質問者の会社とＡ社の間で、不渡りとなった金額は通常の売掛金残高に加算すると言う合意が既に交わされているものと読みましたが、早とちりでしたか?