業界によってさまざまな商習慣があると思いますので、絶対にこれしかだめということではないと思います。

会社同士の信頼関係で、手形を返して、期日に入金していただくというやり方は否定すべきものではないと思います。

ただ、
＞不渡りとなった金額は通常の売掛金残高に加算すると言う合意

このような合意をしているという事例に、小生の浅薄な経験ではお目にかかったことがなく、勉強になりました。
そもそも、日本の商習慣では、新たに取引を開始する際に売買契約書すら交わさないことのほうが多数派と聞いておりました。最近になって、欧米流の基本契約書を交わすようになってきた様です。なので、当社のような伝統的な業界では、信用だけがすべてといった感じです。なにかあっても、これからも長く付き合うのだから、互いに紳士的に解決しようという感じです。
当社の業界では、
不渡りが発生したら、裏書人に対して「どうさせていただきましょうか？」と、本来はいきなり「弁済してください」と言ってもよいところですが、あえて質問形式で連絡しても、必ず、先方から「迷惑をかけたのはウチですから、いかようにでもいたしますよ」という回答が返ってきます。
まあ、これを殿様商売と言われる業界もあると思います。あくまでも主観的・相対的なものだと思いますが。