・当社発行の領収証を返してもらう
・手形分の金額を差し引いた額で領収証を再発行する

と言うやり方では、一旦完了した取引を日付を遡って、なかった事にすると言う事ですから、あまり好ましくないと思います。またこのやり方ではそもそも手形を受け取ってない事にするわけですから、
手形受領時仕訳　：　受取手形／売上高
は存在を許されず、今から破棄して、なかった事にしなければならなくなります。

これまでのやり取りと処理はそのままで、改めて処理を進めると言う事で、既発行の領収証をいじるのを止め、

・手形をＡ社に返す
・その領収証と債務承認証を徴する
・当該手形分の売掛金を計上する

今回の仕訳　　　：　売掛金／受取手形

でいいと思います。
なお、借方勘定科目は売掛金より未収金の方がいいかもしれません。