本社と支社でそれぞれ損益を把握したいというのであれば支店側では「本店から仕入」で計上し、本社側では「支店へ売上」で計上したほうがよいと思います。
そこまで把握しない、というのであれば「本店」「支店」勘定を用いてもよいかも知れません。
いずれにしても本支店合算するときには相殺することになります。