分かる所だけでご容赦下さい。

親からの借入は、借用書の取り交わしが無い場合は贈与と見られる可能性があります。
その場合は贈与税を課される可能性もあります。
特に事業主貸借としてしまうと「事業主貸借=事業主個人の現金・預金を事業に借りる」という事ですので、税務署から突っ込まれる可能性はあります。

国税庁の確定申告作成コーナーに元入金や借入金の記入欄が無いとの事ですが、所得税の確定申告書作成コーナーは決算書の作成コーナーではないので、その様な項目はありません。
試算表から決算書・収支内訳書を作成し、その結果を確定申告書に記入する事となります。
決算書や収支内訳書は、確定申告書作成コーナー内に「青色申告決算書・収支内訳書作成コーナー」がありますので、そちらで作成する事が出来ます。