>不動産の使用料等の支払調書とは、法人が個人に支払ったものが対象で、法人が法人に支払ったものはそもそも作成せず、合計表にも加算不要なのでしょうか?

法人が法人に支払ったものについては、権利金、更新料等を除いては支払調書そのものは提出不要ですが、合計表には法人に支払った金額も含めて記載すべき事となります。

>【個人に支払った使用料】:1,000千円
>支払調書作成、本人交付、合計表記載、税務署提出

基本的には合っていますが、1点だけ。
給与所得の源泉徴収票は、支払った相手へ発行する義務がありますが、不動産の使用料や報酬等の支払調書については、実は、支払った相手先への発行義務はありませんので、必ずしも発行しなくても問題ありません。
(もらった人の確定申告の際にも添付の義務はありませんが、報酬については、添付される方も多いので、発行してあげた方が親切とは思いますが、不動産の使用料については、意外とそうでもありませんので、催促されたら発行してあげる、という感じでも良いのでは、と思います)

>【法人に支払った使用料】:1,000千円
>支払調書作成不要、法人交付不要、合計表記載及び税務署提出不要

最初に書いたように、合計表のみ、金額を含めて記載すべき事となります。