会計処理は純額でやるしかないのかなと思います。
台帳と合わないのは、メモや資料を残しておいて説明できるようにしておけば問題ないと思われます。
敢えて仕訳で残しておきたいのなら
給料１０／現預金９
　　　　／給料１（罰金）
とする方法もあります。

ちょっと論点は変わりますが、罰金を控除する経緯が気になります。社内の懲戒規定等によるものでしょうか？
労働基準法では、原則として全額払わなければならないので。

参考までに↓
労働基準法２４条（賃金の支払）
「賃金は、通貨で、直接労働者に、その全額を支払わなければならない。ただし、法令若しくは労働協約に別段の定めがある場合又は厚生労働省令で定める賃金について確実な支払の方法で厚生労働省で定めるものによる場合においては、通貨以外のもので支払い、また、法令に別段の定めがある場合又は当該事業場の労働者の過半数で組織する労働組合があるときはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がないときは労働者の過半数を代表する者との書面による協定がある場合においては、賃金の一部を控除して支払うことができる」