たしかに保険金って結構難しいですよね。

それで、身体の障害、疾病などを原因として受ける入院給付金などの保険金は、所得税法の非課税所得になりますので、所得税の計算上、一時所得とする必要はありません。
（年末調整では一切無視してＯＫです。）

ただし、確定申告で医療費控除を受ける場合には、支払った医療費からもらった入院給付金の類をマイナス控除してから、医療費控除を計算することになります。


反対に、一時所得となるものは、満期返戻金とか解約返戻金のように、病気も怪我もしていないのにお金がもらえるケースです。

その他、参考までに　　保険金に関する税金
http://www2.odn.ne.jp/muraoka/zeihou15.html