ポイントカードとか難しいですね（汗

消費税ではポイントカード使用時に純額を課税売上とすることになっています。

1,000円の商品をポイントを「使用」し900円で販売した場合
900円が課税売上となります。
チャージしただけでは、使用するかどうか確定しないものを
売上のマイナスとして考えないと言う感じでしょうか

法人税はどうなるのかと思い、調べてみると
http://www.ek.tohmatsu.co.jp/word/a-word/2004/key041119_2.shtml

この場合で考えてみると「割引券」に該当し、消費税と同じように
ポイント利用時になっています。

会計上はポイント使用する見込みが発生するので、引当金を計上する会社もあるようです。

損金は未使用分に対する原価を見積もり計上らしいです。
実地棚卸と税務上でズレが生じるということでしょうか・・