natureさんの会社で、車両費をどのようなケースで使われているかが良くわかりませんが、代車費用は、修繕そのものではなく、修理期間中の車両に関する費用ですから、一般的には、車両費で処理されるような気がします。
(もちろん、経費には変わりありませんので、修繕費で処理されても、さほど問題にはならないとは思いますが)