>日本法人の取締役(株主)として登記されている者(=海外本社のトップ役員)

株主は登記事項ではありません。本社トップ氏が個人として御社取締役に就任していると言うことですね。

>と委任契約をしているだけ

実はこれは法律上の「契約」ではありません。
今の必要に絞って平たく言うと、「契約」とは、当事者に法律上の権利義務を発生させる約束事です。そして「権利」とは、相手方が義務を怠ったときにその強制を国家権力がしてくれるという意味です。また「委任」とは、一定の事務処理を委託することを言います。
彼らの言う「契約」は、いわば選挙におけるマニフェストのようなもので、社長がこれに違反しても次の選挙(株主総会)で落ちるだけで、法律上の義務は何も負いません。また社長の職務は、本社、トップ氏、株主のいずれの事務を受任しているものでもないので、これらと委任契約を結んだ結果得られる地位ではありません。つまりこの「契約」は、社長個人が日本法人を代表せずに個人の資格で第三者と結んだものなので、日本法人と社長の間の法律関係には直接影響を及ぼすものではありません。

>日本法人の株主である者との契約であるのでそれは日本の法に基づくべきものである

前述の通り、これは法律上の「契約」ではなく、しかも日本法人とは無関係のものなので、我々が準拠法を検討する利益はありません。

>報酬の支払も日本法人から支払われるものである。

社長の地位は、日本法人自体との委任(に準じる)関係に拠るものです。彼は日本法人の株主総会で選任され、その報酬は日本法人の株主総会で決議されているはずです。その機関決定(+就任承諾≒委任契約)に従って、委任者たる日本法人が受任者たる社長に報酬を支払うわけです。

>日本法人の株主が、一方で海外本社のトップである事はこの件に何ら関係しない
>全く無意味な現地法人となる
>日本の労働基準法が適用される

全くその通りです。