確実な答えではないのですが、参考にしてください

会計上
減損損失　/　建物等　として直接減額するか
　　　　　　　/　減損損失累計額　として間接減額（両建表示）
がありますが、表示の相違によって総資産の金額が
異なるため、法令や通達で決められています。

通常の減価償却と同じですが、条文で損金経理により引当金として経理している金額は
帳簿価額より減算する、とあるので直接減額している場合は、加算はできないと思います。
（間接減額している場合は、減算）

総資産の帳簿価額が増加すれば、負債利子が減少するため、
両建表示を認めれば、国としては税収が減ります。
あと、できる限り両建表示などをして、帳簿価額を増やすことも
考えられます。

また、帳簿価額とは税務上の帳簿価額とは書いていません。
あくまで、確定した決算に基づいて〜と書いていますので、
税務上の否認額などは関係ないと思います。
（否認額を加算→帳簿価額が増える→税収が減る）

申告書の手引きにも、両建勘定は帳簿価額に含まれないと書いています。

税務署、税理士等に確認するのが一番です。

自身ないので補足お願いいたします。