支払委託（民法656条）または債権譲渡（466条）となります。証券を発行すればずばり為替手形取引ですね。
実務としてはkaibashiraさんご教示のやり方で充分です。
Ａ社の仕訳は普通に
預金/売掛金
とし、摘要で「Ｂ社分為替」とでもして経緯を記録しておけばいいでしょう。
ですから「Ｃの支払人名義で振込がされているのでＢの売掛金の入金という処理が出来ません」という心配は無用です。
なお、これはkaibashiraさんが冒頭でご教示のとおり、あくまでも３者が合意していればの話で、Ａ社がこれに合意する義務はなく、理由の如何を問わず拒否することができます。つまりＡはＢに対して「Ｂから直接払ってください」と請求する権利があります。Ｂ社がその請求を聞き入れないなどということは許されず、拒否すると単なる不払いとなります。
もっとも、振込人名義はどうあれ現に入金があったのですから、今更これを覆すのはＡ社にとっても実利がないとは思いますが。