こんにちは。
私も同じく開発やってます
まず・・・

1、勤怠状況ですが、全くなってませんね。
管理者としての立場を疑いたくなります。Ｂさんに対して何かあるのかもしれないですね。（夜中に集中出来ると言う点は理解出来ます）
2、当然Ｂ社員に態度を改めさせます
3、ここまで社長が認めている人材でしたらわざわざ会社に出社させる必要はないんじゃないですか？うちの会社にも結構な人材が居ます（自分で言うな！）その者達は自由出社にしています。通勤に時間をかける分自宅でしたらその分も仕事できますからね。
4、これは一概に言えません。本当に素晴らしいシステムマンでも客先での説明不足、何らかのトラブルでクレームがつく場合もあると思いますょ。Ｂさんの場合システム上のトタブルと言うより人間的・性格的なクレームが多いんじゃないですか？（失礼）
5、この意味がよく分らないのですが・・・
給料以外に報酬出してるんですか？
＞「案件売り上げの○％を分配」
分配ってことは1案件に何人もが係わってるって事ですか？

私が社長なら
☆Ｂ社員は月給制として非常勤社員にする。交通費は支給しない（タイムカードなし）。当然仕事はその人に合わせたレベルで案件を持たせる。これをもし不服とするなら雇用条件を守らせる。
☆Ａ・Ｂ社員（開発部全員）フレックス制にする。もちろんコアタイムは設定。
こんな感じでど〜ですか？
あくまで私の意見として・・・
失礼しました。