>細かいものは「輸入諸掛」として仕分ける様ですが、取扱料は手数料、配達料は運送費などに仕分けることはしないのでしょうか？

目的によると思います。

弊社は全部を商品の在庫評価額(＝原価)に含めるので、
特にわける必要がないだけですので、

例えば、社内的に輸入諸掛の内訳データを出す必要があるとかであれば、輸入諸掛に補助科目をつけて

輸入諸掛-手数料等
輸入諸掛-運送費　　　etc

としてもいいと思います。

御社でこの「輸入諸掛」に相当する部分をどのように処理するかだと思います。

分かりにくいレスですみません。