>自分が理解に苦しんでいたのは、社債の割引発行のケースでした。（でもこのようなケースって実際よくありますか？）

株式未公開会社では平価発行が一般的かと思いますが、株式公開会社なんかでは見られるんじゃないでしょうか。

>要は、割引発行＝利息相当分を後払ってことなのでしょうか？

試験問題では、この前提がほとんどですね。

>だとすれば、繰上償還以降は、それ以外の社債残高についての償却原価相当分についてだけについて単純に計算すればよい、という理解でよろしいのでしょうか？

主債務が無くなれば利息計算の源が無くなるわけですから、そのように考えるのが合理的と思います。