えーと、いくつか質問事項がある場合はスレを分けたほうが回答するほうも、後から検索する場合も見やすいのであまりまとめてしまわないほうがいいと思います^^;


1.外勤者が携帯を使用するのは仕方ないので、案としてはhi_chanさんの「申請者が自ら明細から抜き出す」のがいいと思います。もちろん利用明細も付けさせたほうがいいと思います。内勤者は社内の電話を利用していただくことにし、携帯については一切支払わないという方法でもいいのではないでしょうか。
  あるいは内勤者でも外勤者でも、会社から携帯を支給し、個人の携帯については一切支払わない。会社から支給したものについても全ての通話履歴を取り寄せて、あやしいところがないかチェックするというのもアリだと思います。

2.当社は基本的に全て事後精算となっており、それも全て従業員の銀行口座へ振込になっています。参考にならずに申し訳ありません^^;

3.最終的に「期首商品棚卸高+仕入商品−売上商品」の金額が期末商品棚卸高(簿価)として計算されると思います。一方で実地棚卸をすると、万引きや紛失があった場合その実地商品棚卸高は簿価棚卸高よりも小さい金額になっていると思います。その差額について「雑損失(紛失・万引き・評価損等)/期末商品棚卸高」と仕訳を切ることで簿価の期末商品棚卸高を実地棚卸高の金額にあわせることができると思います。
ただ紛失によるマイナスなのか、万引きによるものなのか、評価損によるものなのかという分析は全く行えないことになりますが・・・。
それらを証明する証憑としては、仕入伝票(納品書、請求書)と売上伝票(納品書控え、請求書控え)、実地棚卸の棚卸表があればいいと思います。