貸付金が未返済だからと言って給料の支払を拒むと、労働基準法17条(前借金相殺の禁止)に違反する恐れがあり、同24条(賃金の全額払い他)には明白に違反します。刑事罰もありますよ。
貸付金の回収は給料とは切り離し、一般の債権と同様に取り扱えばよいことです。何も特別なことはありません。