>実施の仕入価格１９０００円の差分の１０００円を
>帳簿から減ずることでいいのでしょうか。

そうですね。
まあ、とにかく商品の期末棚卸高（決算書の棚卸商品）が、200個×90円＝1,800円となりさえすればＯＫです。


>最終仕入価格９０円で評価したので、在庫の２００個は
>全て９０円で取り扱うことになるのでしょうか。

それが最も簡単だと思います。


>１、期中の払出基準は「先入先出法」でも問題ないの
>でしょうか。
>２、棚卸後の在庫価格はすべて最終仕入価格に
>読み替えることになるのでしょうか。

そのとおりです。
期中は先入先出法がよいというのでしたら、期中処理としてはそれでも問題ありません。
ようは、期末商品の棚卸高だけが最終仕入原価法によって計算した単価になりさえすればよいのです。

また、翌期に繰り越された商品単価を、先入先出法で計算した単価に修正仕訳して先入先出法の単価を再度使うようにしてもよいです。
しかし、もしそれが面倒なのでしたら、すなおに決算で評価した最終仕入原価法の単価をそのまま使ったほうが簡単ですむでしょう。

＜例＞
商品有高帳の翌期の記載
前期繰越高　200個×90円＝1,800円

（先入先出法の単価に修正する場合）
修正仕訳
　仕入1,000　／　雑収入1,000（摘要は、「期首商品単価修正」）

商品有高帳のつづき
商品仕入れ1,000　商品残高（100個×100円）＋（100個×90円）

＊もしも最終仕入原価法の単価をそのままつかうのでしたら、上記の修正は不要です。


参考にしてください。