納得された後で蒸し返して申し訳ありません。
その交通費、宿泊費を御社が直接支払っているなら、営業経費として原価算入すべきでしょう。
依頼した仕事を遂行するにあたり、付随してかかる経費です。
しかし、仕事という名のもとに、わざわざ来てもらって、実際は特に仕事らしいことをせず、観光と飲食接待だけで、お帰りいただいたとすれば、交際費だと思います。上司は、何かやましい気持ちがあるのでしょうか・・・仕事ならば堂々とされたらよいと思います。

ただし、当該交通費、宿泊費を「車代」等と称して、例えば５万円とか、包んで本人に渡した場合は、実費弁済とならない可能性があります。御社は交際費として課税されるし、相手からも源泉税を徴収する義務が生じるかもしれません。
以下のサイトの２．の（２）が該当するか確認が必要かもしれません。

http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2792.htm