「一般取引資料せん」という事であれば、提出された資料せんに記載された会社(取引先等)の調査の資料とするためのものです。
ですから、基本的に、資料せんを提出する会社自体には関係ない事となります。
という事で、提出する会社ではなく、提出された資料せんに書かれた会社がポイントとなる訳ですから、提出を求める会社というのは、特にどういう会社が対象という事はなく、基本的に無作為に送られてくるものと思います。
先日も、数十年、会社をやっていて、初めて来た、という所もありましたし。

いろいろな会社から出された資料せんを、国税局単位で集めて(税務署単位ではないと思います)、集計して、その相手先の会社の調査の資料とします。

例えて言うと、yujun商店から提出されたA商店の仕入に関する資料せんや、dasrecht商事から提出された、同じくA商店の仕入に関する資料せん、kamehen商会から提出された、同じくA商店の仕入に関する資料せん等を集めて、A商店に関しての売上(仕入の相手方ですから)に関する資料を作って、A商店に税務調査に訪れた際は、帳簿に、yujun商店からの売上がきちんと計上されているか、という感じでチェックされる事となります。
(特に飲食店等の場合には、無申告の店を調査するきっかけともなります)

という事で、どこに提出してもらうか、というのは、大した問題ではありませんので、どこに来るかはわからない、という感じと思います。
(ただ、1回提出すれば、その翌年以降も送られてくるものとは思いますが)