お見込みの通り、

立て替えたとき
交通費/未払金

交通費清算したとき
未払金/現金

でよいと思います。

月次決算とか期をまたぐときなどの問題がなければ簡便法として、立て替えたときの仕訳を省略し、清算時に
交通費/現金
として、適用をきちんと記載しておくと言うのでも許容範囲かと思います。