こんにちは。

免税・非課税である旨を領収書に明記しなければならないという規定はありませんので、それらの文言を記載するかどうかは領収書の発行者の任意となります。
・・・書いてくれたほうが　受取った側は明確で安心ですけど（笑）。

尚、お書きの場合の税務調査での件ですが、
御社側に何らかの影響は全くございません。
何故なら「印紙を貼る＝納税義務者」は領収書の発行者であり、御社ではないからです。
ですからこの場合、税務調査で指摘を受けた場合には御社側で何ら返答する義務はございませんのでご安心下さいませ。
その際には「税務署側でお調べ下さい」と言って結構です。。

御社が納税義務者になる場合・・・例えば御社が領収書を発行するとか、契約書など課税文書を発行するなどで必要印紙が無い場合には・・・当然突っ込まれますけど！！