こんにちは。

いろいろ方法はあると思いますが、
値引分が過入金となっているならばいったん仮受金計上し、
相手の意向によって返金か次回の請求時に相殺でよいのではないでしょうか。
あと相手に値引きの請求書を発行していないのであれば、
発行して差し上げるのがよいと思います。

私も以前、値引きではなく、相手が単に桁を間違えて振り込んできたことがあり、
さすがにこの時は金額が大きかったので手数料を差し引いて返金しました。