こんにちは。

伝票処理の観点からすると、
相手方に状況を再度説明し、値引き分の伝票を再発行して、御社から返金あるいは次回相殺処理すれば宜しいと思います。

一度 相手方にご連絡してみてください。
まずはそこから・・・でしょうね。