「預かり金」とおっしゃるからには法人市民税ではなく、従業員の市民税の特別徴収の話と推察します。
もしそうなら、急いで現金で払うのが正しい対処かどうかはともかくとして、払ってしまったものは立替金で経理するべきで、租税公課はよろしくないと思います。