特殊支配同族会社の判定は、出資者構成と役員構成で決まります。このうち出資者構成では特殊支配同族会社の定義に当てはまりますから、あとは常務役員の割合で判断することになります。
また、特殊支配同族会社であっても適用除外要件を満たし、かつ定期同額等の要件を満たせば全額が経費になります。

(法人税法35条、同施行令72条)
http://www.mof.go.jp/jouhou/syuzei/tokusyu_qa.pdf