欠勤・遅刻早退の控除の計算方法は、特に労働基準法で定められて
いませんので、どこから減給すればよいということはないです。
会社によって様々です。

http://www.kyuuyokeisan.com/archives/15/1/000081.html

減給した金額に対しての所得税等を控除>
そうですね。（健保、年保等は月額が決まってますけどね）

あと、ノーワークノーペイと仰られているので大丈夫だと思いますが
遅刻時間相応の給与控除額を超えて控除する場合は制裁とみなされます。
その際は労基法に定める制裁の制限を越えないことが必要です。


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