うちの場合：売掛金のまま処理
売掛金は全て得意先コードを使い、得意先ごとに把握するようになってるので新たにファクタリング会社のコードを作りました。

ファクタリング会社から債権移行の通知が来た時点で
　売掛金(ファクタリング会社）　/　　売掛金(客先）

入金になった時点で
　銀行預金　　/　　売掛金(ファクタリング）
　支払利息　
と、割引料の科目は会社によって違うと思いますがこんな感じです。

ファクタリング用の勘定科目を作る会社もありますし、統一されてはないようですね。
うちはあくまでも売掛金だという考え方のようです。売掛金の回収も手形サイトと合わせてチェックするので売掛金の方が管理しやすい為だと解釈してます。監査法人に見てもらってるのでこれも間違いではないです。

御社に合ったやり方があると思いますのでよくご検討ください。