皆さんのお話、相当先に進んでいるところに、今頃とお叱りを受けそうですが、小生、sakuchan、jido さんのようにまずどちらのミスかを確認して、処理をすべき問題と考えます。

もし、相手が単純ミスと判断した場合は、大企業かどうかに関係なく連絡してあげるのが、取引関係を良好に維持する上で大切と思います。
相手側としては、連絡がなければ買掛金の一部が未払として残り、わずかな金額のために原因調査をしなくてはなりません。僅かな金額の残だから、適当に処理する考えもあるかも知れませんが、それが大きなミスにつながっていることもあり得ますので、相手はどのように判断するか。やはり連絡してあげるのが礼儀と思います。

その結果で、金額が小さければ、実務的なチエをだして処理するのがよいかと思います。