輸入消費税がいつの時点の費用（あるいは課税仕入れに対する消費税）となるのかは、その課税貨物の申告方法によります。

（1）申告納税方式
1.保税地域から引き取る課税貨物につき一般申告書を提出した場合
・・・その申告に係る一般申告課税貨物を引き取った日

2.保税地域から引き取る課税貨物につき特例申告書を提出した場合
・・・その特例申告書を提出した日


（2）賦課課税方式
・・・その課税貨物を引き取る日

となります。

したがって、上記の日が決算日前であれば、それは当期の費用（当期の課税仕入れに対する消費税）として計上すべきですから、決算日時点で未払いのものがあれば、それは未払金として計上すべきことになります。

輸入の実務はやったことがないのでよくわかりませんが、国際宅配便などで商品を仕入れ、後日請求がくるものについては、ここでいうところの（2）賦課課税方式（あるいは（1）1.一般申告）になると思いますので、どちらにせよ仕入れた商品を受取った日で判断すればよいと思います。