私は設計等はわからないのですが、
仕入れた商品をある外注にかけてそれから出荷しています。
日々の仕訳では

外注費（販売管理費)　/　現預金

で仕訳し、月末に実際に販売した商品に対して出荷したものにかかった外注費を

売上原価-外注　/　外注費

と振り替えています。

なので、現在販売管理費の科目で処理している内容のうち、どの分を「売上原価」に含むべきかを確認して
販売管理費から振り替える方法もあると思います。

>仕入れや仕掛品勘定なんか使って
>未完成分の費用は繰り越しておかないと
>いけないんじゃないかなと思います。

これについても、同様に振り替えるか、もしくは最初から

未完成品【xxx】←棚卸資産の科目を追加　/ 現預金　
としてもいいように思います。

ご参考までに☆