横から失礼します。

（皆様の例でいきますと）給与20万に対する源泉徴収のみでよくて、仮払10万に対して源泉徴収しようとするとおかしくなるのでは・・・
会社としては仮払金は結局戻ってくる訳ですから。
本人としては先に10万もらったけど給与から10万差引かれて結局はいつもの給与通りの金額になると。

給与支給20万とすれば控除欄で10万を入れても所得税の計算には影響しませんよね？社会保険などではないですし。
結局、給与20万のなかの10万なのだと考えてみてはどうでしょう？

カブってしまいました。すみません。。