あっ、そうか、
既に仮払で支払っている分を給与から引いてやればいいんですね。
yujun様の回答を読んでいてわかりました。

でも、仮払の際は源泉徴収はしていませんし、給与の支給項目に100,000円を入れないと源泉徴収できないのではないでしょうか。

ちなみに給与ソフトは「給与奉行」を使っています。

ホンとに初歩の初歩で申し訳ありません。