特例有限会社も株式会社の一種ですから、役員給与の増額に関して、必要なのは株主総会の決議です。この決議で具体的に定めれば手続きは完結し、他の機関の関与は必要ありません。と言うより許されません(会社法361条)。
取締役が複数あるときは、株主総会では総額のみを決議し、具体的な配分を取締役又は取締役会の決定に委ねる方法が多く採られていますが、取締役が1名のみのときはそうする意義に乏しく、本則どおり株主総会で具体的に決議すべきと解します。