たこやきさん、こんにちは。

この会社は多分時給積算で給料を計算してるんだと思います。
だから年次有給休暇を取った日は8時間分の時給を積算すると言うことです。

月給制だと、年次有給休暇を取った日は欠勤控除しないってだけですよね。だから違和感が生じたんだと思います。