そもそも年次有給休暇とは、その日の労働義務を免除した上で通常の賃金を支払う日のことですから、年次有給休暇を取った日に労働すると言うことは論理的にあり得ません。
法が予定していないイレギュラーな事態ですから、当然「正しい計算」なるものは存在しないこととなります。
仕方がないのでその日は年次有給休暇を取らず、8時間働いたと言うことにして、通常の賃金を支払うぐらいが現実的な解決法かと思います。

なお、賃労働者が仕事をするのに使用者の指揮命令下にないと言う事は業務運営上の管理面でも事業場の物理的管理面でも通常あり得ない事であって、明示的かつ積極的に「するな」と言う指示がなく、使用者が事実上その労働の事実を認め、その成果を享受している場合には「自主的に行なったもの」とするのは許されないと解します。
karajanさんご指摘の通り、なぜ有給を取って出勤しているのか、というバックグラウンドがまさに重要な判断基準になると考えられますが、まあ、好き好んで無償奉仕をする人はなく、たいていは少なくとも黙示の圧力を受けて嫌々やってるものと推定するのが常識の線ではないかと思います。

＊失礼だなんてとんでもないですよ。どこを気にしてらっしゃるのかさえわかりません。どうぞお気になさらぬように。
ちなみに私自身、「失礼極まりない!」と叱られるような発言をたくさんしています。