一つの判断として「実態はどうなのか？」ということが基準になります。

例えば、有給休暇消化目的のために「形式的」に有給休暇を取った場合、そこには”出勤して業務を行なえ”という暗黙の指示命令が存在している可能性があり、有給休暇を取っていても「出勤して業務遂行を指示命令に基づいて行なっている」という事実があれば、３時間の残業手当を支払う必要があります。つまり実態は有給休暇ではないということです。

まず、なぜ出勤したのかを本人に確認してくださいね。

その理由が明らかに「自主的」なものであれば、あくまでも有給休暇ですから、残業をしようがしまいが１日の賃金さえ保証すれば良いと考えます。