>なぜ有給を取って出勤しているのか
という理由は本人に聞かないと私も解からない所です。

私の頭ではkarajanさんのいうように残業手当ては支給しなくていいと思うのです。
やはり有給を取って出勤した理由によっては支給しなくてはいけないから聞くべきでしょうか?