すみません。ちょっと解からないんです・・・

>普通に出勤して普通に残業したと言う計算でよろしいかと思います。
そうだと思うのですが・・・
実際の労働時間は3時間です。
年次有給休暇を取った日に労働は通常の残業支給ですよね?

弊社の考え方ですが、有給休暇を使用した人には総合稼動時間に
有給休暇を使用した分の時間を加算していました。
それ自体がおかしな計算の仕方ですか?