６月に月額変更をする社員は定時決定の対象となります。
７月に月額変更をする社員は、非対象です。

http://www.sia.go.jp/seido/iryo/iryo09.htm

しかし、この「対象」「非対象」は、定時決定についての話で、算定基礎届の話ではありません。
算定基礎届は、随時改定の有無に関わらず、7月1日現在の被保険者（６月１日以降に被保険者となった人を除く）全てについて記入します。記入方法に変わるところはありません。

http://www13.plala.or.jp/S-Kawamura/jimu/santeikiso.html

上述のように算定基礎届の対象は、7月1日現在の被保険者ですから、５月の２０日に退職した社員は記入しません。
その判断の基準は被保険者資格の喪失日ですから、給与の〆日や支払日、6月給与の有無などは関係ありません。