ご存知とは思いますが、一応念のため、補足しておきますが、棚卸資産の取得価格に含めるべき運賃は、仕入にかかった運賃のみです。
売上に際しての運賃は、ただ単に費用処理するのみとなります。
業種等によって違うものとは思いますが、私の周囲では、意外と仕入にかかる運賃は、仕入先の仕入価格そのものに含まれているケースが多いような気はします。

ただ、実際に、仕入にかかる運賃がそれなりにかかっているのに、棚卸資産の取得価格に含めていなければ、税務調査の際にはチェックされる可能性は高いと思いますので、計算が困難な場合でも、合理的に見積もって、含めるべきものと思います。
（仕入にかかる運賃が、極めて少額であれば、そこまで言われないかもしれませんが）