まぁ、解釈の仕方の違いとは思いますが、私なりに考えている事を書き込んでみます。

そもそも、労働保険料というのは、概算保険料として1年分前払いして、申告時に確定させて、差額を精算する事となっています。

ですから、概算保険料自体の支払いは間違いなく確定しているものとは思いますが、但し、これは4月〜翌年3月までの概算払いであって、9月時点で言えば、10月〜3月分に相当する部分は、反対給付は得られていないというか、明らかに未経過の部分と思います。
実際、保険料は、4月〜翌年3月までの賃金の支払額に対して料率を乗じて計算するものですから、未だ賃金の支払がない部分については、保険も反対給付はないと考えるべきもののような気がします。

例えば、極端な話しですが、従業員が10人いたとして、各人の給料自体は、概算保険料の計算通りに支払われていたとして、10月から人員が5人に減ってしまったような場合には、確定時点ではかなりの差が出てしまいますよね。
その辺の不確定な要素はありますが、1年以内の物ではあるので、多少は目をつぶって、会社で損金経理されれば、損金算入ができるという趣旨の通達かと思いますので、完全に確定していない、かつ、未経過の部分についてまで、申告書上のみでの減算はできないのでは、と私は思います。