横から失礼します。

＞つまり、資本金１億円以下の企業では、交際費のなかで、5000円基準にあてはまる（5000円/人以下の飲食等）ならば、いくらでも損金算入できると理解して宜しいでしょうか？

その通りですが、但し、もちろんその総額が４００万円を超える場合には、その超える部分の金額は全額が損金不算入となります。

それと、5000円以下の飲食費等ですが、無条件で損金算入となる訳ではなく、以下の事項を記載した書類をきちんと保存しておかなければ、税務調査の際には、損金不算入の対象となり、追徴課税されるはずですから注意が必要です。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/5265.htm

(1) 飲食等の年月日
(2) 飲食等に参加した得意先、仕入先その他事業に関係のある者等の氏名又は名称及びその関係
(3) 飲食等に参加した者の数
(4) その費用の金額並びに飲食店等の名称及び所在地（店舗がない等の理由で名称又は所在地が明らかでないときは、領収書等に記載された支払先の名称、住所等）
(5) その他参考となるべき事項

＞それで5000円基準にあてはまらない（5000円/人以上の飲食等）は、その10％は不算入。そうすると、先ほどの500万円のうち、50万円の10％（５万円）が損金不算入で、残りの45万円は不算入でもなく算入でもなくなるのでしょうかぁぁ？

この例えで言えば、残りの45万円は損金算入となりますので、帳簿上で経費処理されていれば、申告書上での加算等はない事となります。
（というより、別表１５で表示されますが）

＞それと、飲食等ではない5000円基準とは関係ない手土産や、お祝いのお金などは400万円の制限はあるのでしょうか？？

もちろんです、要は、5000円以下の社外の者との飲食費等で要件を満たすものだけが損金不算入の対象外となるだけで、それ以外のものはすべて交際費に該当すれば、合計して判断すべきものですから。