単純に課税仕入れ処理して良いと思います。

ただ相手が間違っている可能性も０ではありません。
（無いと思いますけど）

さらに１０５００円（税込みの記載がない場合）
１００００円の５％込みの金額だから勝手に課税と考えたり
逆に税込でない金額（例えば丁度１００００円）だから課税されて
いないと勝手に考えるのは良くありません。

考え出すとキリがないのでやっぱり機械的にするのが早いですが・・・・

よくある取引→機械的
あまり見ない取引→一旦立ち止まる
これぐらいでいいのかも（汗