>就業規則には「車通勤なら○○、公共機関利用なら××」としか定めてなくて、通勤方法変更の制限規定や、公共機関利用について「免停のときは適用しない」とする例外規定がないため、規則をそのまま適用すると彼に公共機関分を支給することになってしまうからだと推察しますが、どうでしょうか?

まさにそうです。しかし就業規則を確認したことろ通勤手当の定め自体がなくそれ以前の問題でした。
就業規則の改定は必須だと思われます。
今回の件についてはdasrechtさんのお話をふまえ、上司とよく話し合って解決したいと思います。
色々ご教授下さいましてありがとうございました。