横からすみません。

>会社は彼に公共機関分を支給する法的義務を負うのが当然

そうなのですね!
勉強になりました!

詳細に記載がなく、「車通勤なら○○、公共機関利用なら××」とだけの定めでも、本人の都合で(しかも違反)で普段より高い交通費になったのだから、会社としては普段とおなじ車通勤の分でいいと思ってしまうところでした。

dasrechtさんの推察力さと論点のまとめ方には
本当にいつも助けられ、勉強させていただいています。
ありがとうございます。

回答レスでなくすみません。失礼しました(><)