もともと通勤費用としての手当は就業規則や契約で
定めがなければ支払う義務のないものです。
この場合も、このようなときはこうする、
という定めが予め就業規則等におかれていない限り、
会社の支払う義務、従業員の請求する権利としては
拠るべきものがないので、
会社から「従前の額の通勤手当しか支払いません」と
言い渡してしまえば大抵はそれで事実上決着する
でしょう。
(もし従業員が不服として監督署や裁判所等にまで
話を持ち込んだときはどういう判断になるか、
正直なところ予測がつきません。)

ただ、部外者としてお話を伺う限りでは、
「最初から交通機関通勤で申請している人も、
もし車で通勤した場合はもっと低い費用で済む
かもしれないが、そことのバランスはどうだろう」
「何らかの理由で車を手放した人なども
そのように扱うのか」等の疑問も
浮かんでくるところです。

今回の件をもとに、明確で
納得できるルールが作られると良いですね。