私の考えを投稿させていただきます。
法的には何も分かりませんのでご了承下さい。
まず、サービス残業ですが、多かれ少なかれほとんどの会社であると思います。
私は、始業前や終業前は、１０分から２０分程度始業前終業後の掃除や後片付け等をしています。
これは、個人の考え方の違いでしょうし、別にサービス残業とは考えていません。
また、この時間に他の社員と意外に自由な話が出来るので残業代以上のプラスがあると考えています。
今回のように１時間を超えるようでしたら、話は違ってきます。
サービス残業の部分は、会社によって実態はまちまちだと思います。
ご自分で考え、労働基準監督署へ申し出るのも良いと思いますし、上司で何もしていただけないのなら、その上の役職の方に相談するのも方法だと思います。
会社が、アルバイトの分際でなどと考えているようでしたら、私は徹底的に戦いますが。
廃棄パンですが、厳しい言い方になるかも分かりませんが、雇用時に双方が確認したことを一方的にｎｏｓさんが自分勝手な判断サービス残業との相殺？で約束を破ったのですから、会社としてそれなりの注意や処分を考えて当然だと思います。但し、返金や入金しろなどは、行き過ぎだと思います。
泥棒の件は、会社として従業員の安全を図る必要があると思います。
売上金の過不足ですが、現金を扱っている以上起こりうる話なので、そのことで、会社が不足分を要求することはおかしなことと考えます。
ましてや、残業代と相殺なんて非常識ではないでしょうか。

長々と書きましたが、１００パーセントｎｏｓさんの話を信用するなら、なぜそこまでひどい会社でアルバイトを続けているのか不思議です。
会社を辞める権利はｎｏｓさんにあるわけですし、私なら、そんな管理しか出来ない会社は遠慮しますが、でもそれ以上の役得があるのでしたら別です。
法律より人としてのコンプライアンスをｎｏｓさん自身守っていると言える事が大切ではないでしょうか。
他人の非を見つけるのは簡単なことですが、自分の非を見つけるのはとても難しいものです。ともすると自分の非を正当化してしまいます。
もう一度、冷静に自分の周りや自分自身のことを見つめなおしてこの問題の解決を考えたらいかがでしょう。